Наукові зацікавлення: історія українського традиційного мистецтва, історія і теорія християнського декоративного мистецтва; класична оперна, симфонічна музика.

Основні публікації: 

Боньковська С. М. Ковальсьво України кінця ХІХ — початку ХХ ст. Київ: Наукова думка. 112 с., іл. 

Боньковська С. М. Сакральна ангіопластика Руси-України. Священичі потири і дискоси. Кінець Х—XVI століття. Монографія-альбом. Київ: Вид. дім. «Києво-Могилянська академія», 2014. 592 с., іл.

Боньковська С. Сакральна металева пластика. Історія декоративного мистецтва України: у 5 т. / голов. ред. Г. Скрипник; наук. ред. Т. Кара-Васильєва. Київ: ІМФЕ ім. М. Т. Рильського НАН України, 2016. Т. 5: Професійне декоративне мистецтво першої половини ХХ ст. С. 181—193, іл. 

Боньковська С. М. Нацерковні хрести. Церковне мистецтво України: у 3-х т. / відп. ред. С. П. Павлюк; кер. проекту, наук. ред. т. Л. М. Герус; худ.-оформл. Є. В. Вдовиченко. Харків: ІН НАН України; Вид-во «Фоліо», 2018. Т. 1. Архітектура. Монументальне мистецтво. С. 593—662.

Боньковська С. М. Напрестольні металеві хрести. Церковне мистецтво України: у 3-х т. / відп. ред. С. П. Павлюк; кер. проекту, наук. ред. т. Л. М. Герус; худ.-оформл. Є. В. Вдовиченко. Харків: ІН НАН України; Вид-во «Фоліо», 2018. Т. 3. Декоративне мистецтво. С. 323—372.

Боньковська С. М. Запрестольні і процесійні металеві хрести. Церковне мистецтво України: у 3-х т. / відп. ред. С. П. Павлюк; кер. проекту, наук. ред. т. Л. М. Герус; худ.-оформл. Є. В. Вдовиченко. Харків: ІН НАН України; Вид-во «Фоліо», 2018. Т. 3. Декоративне мистецтво. С. 373—406.

Боньковська С. М. Нагрудні хрести. Церковне мистецтво України: у 3-х т. / відп. ред. С. П. Павлюк; кер. проекту, наук. ред. т. Л. М. Герус; худ.-оформл. Є. В. Вдовиченко. Харків: ІН НАН України; Вид-во «Фоліо», 2018. Т. 3. Декоративне мистецтво. С. 407—440.